การฆ่าเชื้อที่ปัดน้ำฝนคลีนรูมจะต้องเป็นไปตามหลักการ "การทำความสะอาดเบื้องต้นเพื่อขจัดสิ่งปนเปื้อน ตามด้วยการฆ่าเชื้ออย่างเข้มงวด และสุดท้ายคือการทำให้แห้งและการเก็บรักษาแบบปลอดเชื้อ" วิธีการหลักเกี่ยวข้องกับการฆ่าเชื้อด้วยความร้อน (A0 มากกว่าหรือเท่ากับ 600) หรือการแช่สารเคมีที่ผ่านการตรวจสอบแล้ว (เช่น แอลกอฮอล์ 75% หรือสารตกค้างเฉพาะ-สารฆ่าเชื้อฟรี) ห้ามใช้สารฆ่าเชื้อที่มีคลอรีน-โดยเด็ดขาด เพื่อป้องกันการกัดกร่อนของอุปกรณ์หรือการปนเปื้อนของอนุภาค
การทำความสะอาดก่อน-การรักษา: ใช้สารทำความสะอาดที่เป็นขุยต่ำ-แบบพิเศษเพื่อกำจัดอนุภาคและสารตกค้างอินทรีย์อย่างหมดจด เพื่อให้แน่ใจว่าจะไม่รบกวนการฆ่าเชื้อในภายหลัง หากขจัดคราบไม่หมด วิธีการฆ่าเชื้อใดๆ ก็ตามจะไม่ได้ผล
การฆ่าเชื้อด้วยความร้อน (แนะนำ): ใช้เครื่องฆ่าเชื้อในเครื่องซักผ้าอุตสาหกรรม-สำหรับการฆ่าเชื้อด้วยความร้อนชื้น เพื่อให้มั่นใจว่าค่า A0 มากกว่าหรือเท่ากับ 600 (เทียบเท่ากับ 80 องศาเป็นเวลา 10 นาที, 90 องศาเป็นเวลา 1 นาที หรือ 93 องศาเป็นเวลา 30 วินาที) การต้มแบบมาตรฐานต้องใช้ความร้อนต่อเนื่องที่ 100 องศาเป็นเวลานานกว่า 15 นาที และจำกัดเฉพาะวัสดุทนความร้อน- (ผ้าฝ้าย/ลินิน) วัสดุเส้นใยเคมีไม่เหมาะสมสำหรับวิธีนี้
การฆ่าเชื้อด้วยสารเคมี: จำกัดเฉพาะที่ปัดน้ำฝนที่ออกแบบมาเฉพาะสำหรับห้องคลีนรูม วิธีการทั่วไป ได้แก่ การจุ่มแอลกอฮอล์-เกรดทางการแพทย์ 75% หรือน้ำยาฆ่าเชื้อฟรีที่มีสารตกค้างที่ผ่านการตรวจสอบแล้ว- เวลาติดต่อต้องเป็นไปตามข้อกำหนดการตรวจสอบความถูกต้องของกระบวนการ (โดยทั่วไปจะมากกว่าหรือเท่ากับ 30 นาที) ห้ามใช้สารฆ่าเชื้อที่มีคลอรีน-โดยเด็ดขาด เนื่องจากมีความเสี่ยงต่อการกัดกร่อนและการเกิดอนุภาค
